تصرف بابل نقطهٔ عطفی بود که باعث ایجاد تعادل بین قدرت‌های درگیر در آسیای غربی شد و به‌دنبال آن سلطهٔ بیشتر ایرانیان را بر شهرهای سوریه و فلسطین و نیز سواحل فنیقیه در پی داشت که پیش از این در حوزهٔ قدرت بابل قرار داشت.[۹۳] اقدام تعیین‌کنندهٔ کوروش که سبب خشنودی کاهنان شد این بود که همهٔ بت‌هایی را که نبونعید به‌زور به بابل آورده بود را به جاهای خود بازگرداند.[۹۴] پیامد دیگر تصرف بابل، بازگشت یهودیان تبعیدی در بابل، به میهن خود بود.[۹۵] در سال ۵۳۸ پیش از میلاد، کوروش اجازهٔ بازگشت این یهودیان به فلسطین را داد و شخصی به‌نام «شش بازار» که رهبر یهودیان در اسارت بود را به‌عنوان فرماندار منطقهٔ یهودیه منصوب کرد.[۹۶] همچنین دستور داد که معبد اورشلیم را بازسازی کنند: «در خصوص خانهٔ خدا در اورشلیم: معبد باید ساخته شود، به طول ۶۰ ارش و به بلندی ۶۰ آرش، با سه لایه از سنگ‌های مکعب و بر روی آن لایه‌ای از دیرک. مخارج را خزانهٔ دربار سوریه پرداخت می‌کند. همچنین باید اشیای زرین و سیمین خانهٔ خدا را که نبوکدنصر از معبد اورشلیم برداشته و به بابل برده‌است، بازگردانده شود».[۹۷] و میثرَداته [مهرداد]، خزانه‌دار مادی کوروش در بابل، از سوی کوروش فرمان یافت تا ظروف و اشیای زرین و سیمین را که نبوکدنصر در سال ۵۸۷ پیش از میلاد از اورشلیم ربوده بود، تحویل دهد. تعداد این قطعات به بیش از پنج هزار عدد می‌رسیده‌است.[۹۸] احتمالاً انگیزهٔ کوروش از اسکان دوبارهٔ یهودیان در سرزمین اسرائیل، ایجاد یک ساتراپی (ایالت) حائل بین ایران و مصر بود اما نتیجهٔ آن، تجدید اسکان و نوسازی در اسرائیل شد.[۹۹] مدارک باستان‌شناختی بسیاری در دست‌است که نشان می‌دهد پس از بازسازی معبد اورشلیم، یک رشته پایگاه‌های مرزی از خلیج ایسوس تا سواحل فلسطین، بازسازی و ایجاد شد و دژهایی بر سر راه مصر در صیدا و اورشلیم و دیگر شهرهای این منطقه ساخته شد تا پایگاه مناسبی برای حمله به مصر باشد.[۱۰۰]
احتمالاً کوروش مقدمات امر را برای تسخیر مصر فراهم کرده بود و اقدامات وی بود که باعث شد در سال‌های بعد، ایرانیان مصر را تسخیر کنند
کوروش، فقط تنها فاتح و مدیر بزرگ نبود؛ بلکه در ذهن مردم پارسی، او همان جایگاهی داشت که رمولوس و رموس برای رومی‌ها و موسی برای بنی اسرائیل داشت.
کوروش بدون شک، نه تنها نابغه هدایتگری بود که امپراتور بزرگ را بنیان گذاشت، بلکه بنیانگذار فرهنگ و تمدن شهری هخامنشی نیز بود. از آنجا که پارسی‌ها شوونیست (متعصب میهن‌پرست) نبودند، کوروش به سرعت فراگیری از ملت‌های مغلوب را آموخت. او نه تنها مادها را آرام کرد، بلکه آن‌ها را با پارسی‌ها متحد کرد و یک نوع پادشاهی دوجنبه‌ای از مادها و پارس‌ها به وجود آورد.
کوروش در نزد بابلیان، برگزیدهٔ مردوک، در نزد یهودیان، مسح شدهٔ خداوند بود و به‌نظر نمی‌رسد که مادها او را سروری بیگانه فرض کرده‌باشند. هرودوت می‌گوید که پارسیان از او چونان یک پدر سخن می‌گفتند، زیرا وی مهربان بود و از آنچه برای ایرانیان نیکو بود، کوتاهی نمی‌کرد؛ در عین حال هرودوت وی را مردی زود خشم می‌داند.[۱۲۳] داندامایف می‌گوید «کوروش محبوبترین شاه پارس و بنیانگذار یک امپراتوری جهانی بود».[۱۲۴]«به نظر می‌رسد کوروش به سنت و ادیان سرزمین‌های فتح شده احترام می‌گذاشت. پارسی‌ها او را پدر، روحانیان بابل او را برگزیده مردوک، یهودی‌ها او را مسیح فرستاده شده از جانب یهوه و یونانیان او را فاتحی بزرگ و سیاستمداری باهوش می‌دانستند. کسنوفون در کورش نامه او را حکمرانی آرمانی و ایدئال توصیف می‌کند
در بابل ده‌ها هزار نفر از جوامع خارجی وجود داشتند و در میان آن‌ها تعداد زیادی یهودی نیز وجود داشت که به اجبار و فشار شاه کلدانی از کشورهای خودشان رانده شده بودند. این مردمان هرگز امید به بازگشت به میهن خود را از دست نداده بودند. اینها همگی آماده بودند تا به دشمن نبونعید کمک کنند و بدین ترتیب پارسیان را ناجی خود تلقی می‌کردند. کشمکش‌های اجتماعی از یک سو، نارضایتی کشاورزان، صنعتگران، اشراف و نجبا (کارمندان، کاهنان، بازرگانان و غیره) از سوی دیگر باعث شده بود که زیربنای اجتماع ویران شود.[۸۳] شاه بابل که ده سال از پایتخت دور بود و در تیما سکونت داشت، تجارت پُرسود کندر را به انحصار خویش درآورده بود و خدای سین را به مردوک ترجیح می‌داد که این امر موجب خشم و نارضایتی کاهنان را فراهم آورده بود.[۸۴] کشاورزان و صنعتگران که قسمت عمدهٔ جمعیت کشور را تشکیل می‌دادند، نسبت به فعالیت‌های نبونعید در زمینهٔ آماده شدن برای جنگ، بی‌تفاوت بودند و میل داشتند فرمانروایان قدیمی را، بی‌دردسر و زحمت با فرمانروایان جدید تعویض نمایند، ارتش بابل بر اثر جنگ‌های متعدد در عربستان خسته و فرسوده شده بود و مشکل می‌توان انتظار داشت که چنین ارتشی توانایی آن را داشته باشد تا با سپاهیان دشمن که هم از نظر تعداد و هم از نظر تجهیزات برتر بودند، بجنگد و در برابر آن‌ها بایستد. بدین ترتیب بابل فاقد توانایی و قدرت لازم برای مقابلهٔ مؤثر در برابر سپاهیان کوروش بود. هنگامی که کوروش به بین‌النهرین حمله‌ور شد، کاهنان او را نمایندهٔ خدای مردوک دانسته، به وی خوش‌آمد گفتند و پیامبران یهودی اعلام داشتند که وی نجات‌دهندهٔ قوم آنان است و سایر طبقات خارجی نیز وی را به عنوان آزادکنندهٔ خود دانستند.[۸۵]
بابل از استحکامات طبیعی برخوردار بود؛ چنان‌که در غرب رود فرات، در شرق رود دجله و در جنوب خلیج فارس آن را احاطه می‌کردند و برای محصور بودن بابل در شمال، نبوکدنصر دوم، فاتح اورشلیم، از سر احتیاط یک دیوار مادی ساخته بود که می‌توان آن را نمونهٔ بابلی دیوار چین دانست. این دیوار در نقطه‌ای که فاصلهٔ بین دجله و فرات به حداقل می‌رسد، بنا شد. سازندهٔ دیوار، نبوکدنصر، می‌نویسد: «برای اینکه فشار آب آسیبی به دیوار نزند، رویهٔ بیرونی آن را با آجر و ملات قیر استحکام بخشیده‌ام». کسنوفون که در سال ۴۰۱ پیش از میلاد این بنا را دیده‌بود، ضخامت آن را ۲۰ پا و بلندی‌اش را ۱۰۰ پا تخمین می‌زند.[۸۶]
کوروش با سپاه خود از میان گوتیوم به‌طرف جنوب حرکت کرد و از رود سیروان گذشت و در آغاز سال ۵۳۹ پیش از میلاد به شهر اُوپیس، دژ شرقی دیوار مادی رسید و اُوپیس محاصره و به آتش کشیده شد. ایرانیان از سر دوراندیشی، از کرکوک، قیر و قطران همراه خود آورده بودند. در نبردهایی خونین، اُپیس به تصرف درآمد و سپاه نبونعید شکست خورد. در روز دهم اکتبر شهر سیپار نیز سقوط کرد و دژ غربی دیوار مادی نیز بدون درگیری تسلیم سپاه کوروش شد.[۸۷] بدین ترتیب کوروش در جنوب دیوار مادی با گذشتن از دجله، همهٔ استحکامات دفاعی نبوکدنصر را دُور زد و دو روز بعد، دوازدهم اکتبر، هم‌زمان با جشن سال نوی تقویم بابلی، گئوبروه با سپاه خود وارد بابل شد و بدون جنگ و تلفات، شهر را تصرف کرد و مطابق با دستور کوروش، بلافاصله نظم سختگیرانه‌ای در بابل وضع شد. «سپرهای نیروهای گوتیوم، دروازه‌های اسانگیلا را احاطه کردند. هیچ عبادتی دچار وقفه نشد. نه در اسانگیلا و نه در دیگر معابد هیچ مراسمی از قلم نیفتاد
هفده روز پس از سقوط بابل، در روز ۲۹ اکتبر سال ۵۳۹ پیش از میلاد، خود کوروش وارد پایتخت شد و همچون یک رهایی‌بخش مورد استقبال قرار گرفت. رویدادنامهٔ نبونعید در این‌باره گزارش می‌دهد: «شاخه‌های نی پیش پای او گسترانده شد. شهر غرق صلح و آرامش بود. کوروش برای سراسر سرزمین‌های بابل صلح را بشارت داده بود.»[۹۰]
برترین قدرت اجرایی در بابل متعلق به ساتراپ پارسی است. اولین حکمران شهر بابل، فرماندهٔ کوروش، اوگبارو بود که بر کل میانرودان تسلط داشت. مرگ اوگبارو ۳ هفته بعد از فتح بابل اتفاق افتاد. در ۵۳۸ پیش از میلاد کوروش، پسرش کمبوجیه را به عنوان شاه بابل منصوب کرد تا بر سایر امپراتوری تسلط داشته باشد. مدت حکمرانی کمبوجیه، در حقیقت محدودتر از آن بود که به نظر می‌رسد: او تنها شاه بابل و بخش شمالی (کشور بابل) بود درحالی که مرکز و جنوب بابل در دستان کوروش و نمایندگانش بود. علاوه بر این کمبوجیه بیش از ۹ ماه حکمرانی نکرد. در ۵۳۷ پیش از میلاد، به دلایلی نامشخص، کوروش او را از سمتش عزل کرد.[۹۱]
کوروش حکمرانی بابل را به بابلی زاده، «نبوئَه بولیت» داد. او کسی بود که قبل از پیروزی پارس‌ها بر بابل، منصبی در حکومت نبونئید داشت. در ۵۳۵، کوروش استان مجزایی شامل میانرودان و نواحی غرب فرات (فنیقیه، سوریه، فلسطین) تشکیل داد و گوبارو را ساتراپ پارسی آنجا گماشت. گوبارو حداقل تا ۵۲۵ در آنجا حکمران بود
پس از فتح همدان توسط کوروش و اسیر شدن آستیاگ، شوهرخواهر کرزوس شاه لیدیه، وی بسیار نگران بود که رقیب تازه‌ای پیدا کند و کوروش به سرزمین‌های به ارث رسیده از ماد قناعت نکند و آهنگ گرفتن سراسر آسیای صغیر را داشته باشد. از این‌روی تصمیم گرفت که نگذارد رقیب تازه‌نفس قوی گردد و برای اطمینان خاطر، از چند پیشگوی مشهور یک سؤال آزمایشی را پرسید که پاسخش را تنها خود می‌دانست و درصورتی که غیبگوها پاسخ صحیحی دادند، نتیجهٔ جنگ را از آن‌ها بپرسد. از میان پیشگوها، فقط پیشگوی معبد دلفی به نخستین پرسش وی پاسخ صحیحی داد و کرزوس معبد مذکور را غرق در گنجینه‌ای از زر کرد و با اطمینان کامل از درستی بی چون و چرای پیشگویی معبد دلفی، پرسید که آیا می‌تواند وارد جنگ با کوروش شود؟ پاسخ مشهود پیشگو این بود: «در جنگ بین کرزوس و کوروش، فرمانروایی بزرگی فرو خواهد پاشید». اینکه منظور از «فرمانروایی بزرگ» خود لیدیه بود، از ذهن وی نگذشت و از این پاسخ خشنود شد و سرگرم تجهیز خود برای لشکرکشی علیهٔ کوروش شد. وی فرستادگانی به مصر و بابل فرستاد و از آن‌ها خواست علیهٔ کوروش با وی متحد شوند و هردوی آن‌ها که از بزرگ شدن دولت هخامنشی نگران بودند، این اتحاد را پذیرفتند و وعده کردند که در سال آینده به او کمک کنند.[۶۶] در این هنگام، یکی از فرستادگان کرزوس به وی خیانت کرده و نزد کوروش آمد و بدو اطلاع داد که کرزوس در حال تدارک نیرو برای جنگ با توست. کوروش فوراً مقدمات جنگ را آماده کرد و تشخیص داد که نباید به دشمن فرصت دهد و او باید حمله را آغاز کند.[۶۷]
در بهار سال ۵۴۵ پیش از میلاد کرزوس با سپاه خود راه شرق را در پیش گرفت و از رود هالیس (قزل‌ایرماق) گذشت و کاپادوکیه را تسخیر کرد.
در خلال فتح بابل، کوروش منشور خود در خصوص آزادی‌های اجتماعی و دینی را اعلام کرد. بنی‌اسرائیل نیز مشمول چنین قانونی شد و کوروش آن‌ها را مخیر کرد که در بابل بمانند یا به سرزمین کنعان در ساحل مدیترانه بازگردند. در خصوص آنان که به کنعان بازگشتند، کوروش تمهیداتی را برای بازسازی هیکل یا معبد سلیمان فراهم آورد و استقرار آنان را در آن منطقه تسهیل کرد. این رفتار برای یهودیان، که نقطهٔ مقابل رفتار اسارت‌بار بابلیان بود، کوروش را به قهرمانی برای قوم یهود بدل ساخت که جایگاه ویژه‌ای در متون دینی آنان یافت. در شماری از کتب انبیا از کتب عهد عتیق، نام کوروش به‌عنوان منجی برده‌شده و گاه اقدام او در جهت آزادسازی یهود از اسارت، به‌عنوان یک مأموریت خودآگاه یا ناخودآگاه الهی تلقی شده‌است. نمونه‌ای از این یادکرد را می‌توان در کتاب دوم تواریخ ایام (۲۲:۳۶–۲۳)، کتاب عزرا (۱، ۴:۳–۵، ۵:۱۳–۱۷، ۶:۳، ۱۴) کتاب اشعیا (۲۸:۴۴، ۱:۴۵ به بعد، ۱:۴۶–۲، ۴۷) و کتاب دانیال (۲۱:۱، ۶:۲۹، ۱:۱۰) بازجست.
در بهار سال ۵۳۹ پیش از میلاد، کوروش آهنگ تسخیر بابل را کرد و وارد جنگ با بابل شد. به گواهی اسناد تاریخی و عقیدهٔ پژوهشگران، فتح بابل بدون جنگ بوده‌است و توسط یکی از فرماندهان کوروش به‌نام گئوبروه در شب جشن سال نو انجام شد. هفده روز پس از سقوط بابل، در روز ۲۹ اکتبر سال ۵۳۹ پیش از میلاد، خود کوروش وارد پایتخت شد. تصرف بابل نقطهٔ عطفی بود که باعث ایجاد امپراتوری بزرگی در آسیای مرکزی و غربی شد و زمینهٔ بازگشت یهودیان تبعیدی به میهن‌شان در سرزمین اسرائیل (کنعان) را فراهم کرد. کوروش همچنین دستور داد که پرستش‌گاه اورشلیم را بازسازی کنند و ظروف و اشیای طلایی و نقره‌ای را که نبوکدنصر، شاه بابل، از اورشلیم ربوده بود، به یهودیان تحویل داد. استوانهٔ کوروش پس از شکست دادن نبونعید و تصرف بابل، نوشته شده و به منزلهٔ سند و شاهد تاریخی پرارزشی است. در سال ۱۹۷۱ میلادی، سازمان ملل متحد استوانهٔ کوروش را به همهٔ زبان‌های رسمی سازمان منتشر کرد و بدلی از این استوانه در مقر سازمان ملل در شهر نیویورک قرار داده شد.
