از این زمان به بعد، یوحنّا جایگاه برجستهای در بین رسولان پیدا کرد و همراه با پطرس و یوحنا، از همراهان ویژه عیسی گردید. وی همراه با یعقوب و پطرس شاهد بر برخاستن دختر یایروس از مردگان توسط عیسی بود. یوحنّا یکی از سه شاگردی بود که توسط عیسی به بالای تپهای برده شد و او حضور الیاس و موسی را با مسیح و تغییر چهره عیسی را دید.
یوحنّا و یعقوب بواسطه تاثیری که تغییر چهره عیسی و سایر معجزات عیسی و آگاهی از آخرین سفر عیسی به اورشلیم و ایمان به سلطنت عیسی در ملکوت آسمان، از عیسی خواستند که در ملکوت او بر دست راست و چپ او قرار گیرند. هر چند که آنان پذیرفتند که از همان جامی که عیسی مینوشد، بنوشند، اما عیسی به آنان گفت که اختیار نشتن بر دست راست و چپ او، در اختیار وی نمیباشد. در انجیل متی درخواست از عیسی، توسط مادر یعقوب و یوحنّا ابراز میشود.